Laparoskopik cerrahide uluslararası otoritelerden olan SAGES kriterlerine göre, obezite cerrahisi için mutlak kontrendikasyon yoktur. Relatif kontrendikasyonlar, yani ameliyatın uygun olmayabileceği hastalar ise ağır kalp yetmezliği, stabil olmayan koroner kalp hastalığı, son evre akciğer hastalığı, aktif kanser tanısı, portal hipertansiyonla seyreden siroz, kontrolsüz ilaç ya da alkol bağımlılığı ve ileri derecede bozulmuş bilişsel kapasitedir. Crohn hastalığı bypass içeren ameliyatlar için relatif kontrendikasyon olabilir.

Bunun dışında laparoskopik cerrahi dev karın fıtığı olan hastalarda, ileri derecede batın içi yapışıklıkları olanlarda, çok büyük ve yağlı karaciğeri olan hastalarda, karnın gazla doldurulmasının tolere edilemediği durumlarda çok zor veya imkansız olabilir.

Ameliyatın ileri derecede riskli olduğu süper morbid obez hastalarda veya ağır yandaş hastalık durumunda, ameliyat öncesi mide balonu gibi ameliyatsız bir yöntemle ve diyet desteğiyle hastanın belli oranda kilo verdirildikten sonra ameliyata alınması iyi bir stratejidir.

Ameliyatlardaki yaş sınırı konusu da anestezi tekniklerinin gelişmesi sayesinde eski önemini kaybetmiştir. Elbette daha düşük kilo kaybı oranı beklentisi, yandaş hastalıklarda daha düşük oranda gerileme, daha uzun yatış süresi, daha yüksek mortalite ve morbidite riski içerir ama 60 yaş ve üzerindeki hastalar da iyi bir hazırlıkla obezite cerrahisine alınabilirler.